COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 6.021922
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 6.045399
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.204787
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.361387
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.463380
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.616212
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 6.782058

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 6.662901
2021-05-25 17:00:00 2.962963 4.888889 6.454072
2021-05-24 17:00:00 5.281690 6.017866 6.182868
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 6.175208
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 6.191425
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 6.344307
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 6.359285

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 12.278364
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 12.486087
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.965051 12.111133
2021-05-23 17:00:00 11.692308 8.463252 12.480747
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 12.829226
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.227871
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 13.563382

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.182006
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.194751
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.674818 6.120044
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.313176
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 6.386870
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 6.540878
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 6.781517

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 6.422053
2021-05-25 17:00:00 5.516685 8.046286 6.419134
2021-05-24 17:00:00 19.599218 6.262452 6.589987
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.816326
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.844564
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 7.031136
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 7.168369

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 14.105765
2021-05-25 17:00:00 6.945643 14.150129 13.996197
2021-05-24 17:00:00 25.609756 25.609756 14.276530
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 14.485545
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 14.621130
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 14.925312
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.437968

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.539398
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.597533
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.627737 2.639804
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.682645
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.756424
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 2.798456
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 2.965830

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.014487
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.017504
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.273258 3.022021
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.078795
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.140652
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.231611
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.312711

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.526618
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.603988
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.271655 3.599430
2021-05-23 17:00:00 5.405405 3.155604 3.656404
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 3.746105
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 3.924592
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.057940

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 5.466286
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 5.484019
2021-05-24 17:00:00 3.570404 5.379391 5.469507
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.529710
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.640288
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 5.776894
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 5.969104

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.713787
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.782307
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.323782 6.648313
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 6.927592
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.002006
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.234972
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.409025

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.177292
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.166795
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.257400 1.165014
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.263061
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.307256
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.408757
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.515314

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 7.709550
2021-05-25 17:00:00 4.968944 8.408408 7.864509
2021-05-24 17:00:00 6.463878 6.463878 8.220573
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 8.019507
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 8.318046
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.499170
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.398611

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.317294
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.394384
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.557545 4.302288
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.389248
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.409328
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 4.498838
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 4.602644

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 7.152425
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 7.249588
2021-05-24 17:00:00 4.360346 7.250903 7.112117
2021-05-23 17:00:00 7.504846 7.504846 7.251906
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.286022
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 7.459699
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 7.682323

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 16.186453
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 16.209864
2021-05-24 17:00:00 8.852868 16.650319 16.188623
2021-05-23 17:00:00 23.702422 23.702422 16.836954
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 17.397305
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 18.073546
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 18.796174

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 2.113975
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 2.210238
2021-05-24 17:00:00 3.021148 3.021148 2.274917
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.328740
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.385613
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.531549
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.598266

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.255334
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.225047
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.101578
2021-05-23 17:00:00 5.026399 7.983105 6.043546
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 6.071559
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.129364
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.207207

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.855194
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.907704
2021-05-24 17:00:00 7.531509 3.869541 4.982659
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 5.104415
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.221174
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.356100
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.541237

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 6.629197
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 6.831763
2021-05-24 17:00:00 5.882353 6.849315 6.671102
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 6.844601
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 6.940288
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.159285
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 7.767253

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.833635
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.669009
2021-05-24 17:00:00 17.857143 3.355705 9.758591
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.788237
2021-05-22 17:00:00 12.444444 12.444444 9.664307
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 10.332399
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 10.820916

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-26 17:00:00 6.052694 6.052694 7.734730
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.027957
2021-05-24 17:00:00 11.709602 11.709602 8.057172
2021-05-23 17:00:00 7.319758 7.319758 8.294106
2021-05-22 17:00:00 5.958747 5.958747 8.537787
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 8.971010
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 9.275203

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.208843 6.208843 6.662901
Basilicata 13.121272 13.121272 12.278364
Calabria 6.231003 6.231003 6.182006
Campania 5.364283 5.364283 6.422053
Emilia-Romagna 8.665377 8.665377 14.105765
Friuli Venezia Giulia 2.061856 2.061856 2.539398
Lazio 2.578030 2.578030 3.014487
Liguria 3.741153 3.741153 3.526618
Lombardia 5.070809 5.070809 5.466286
Marche 6.629834 6.629834 6.713787
Molise 2.008929 2.008929 1.177292
P.A. Bolzano 8.439898 8.439898 7.709550
P.A. Trento 4.433498 4.433498 4.317294
Piemonte 6.258941 6.258941 7.152425
Puglia 9.825871 9.825871 16.186453
Sardegna 2.094886 2.094886 2.113975
Sicilia 5.207610 5.207610 6.255334
Toscana 4.260238 4.260238 4.855194
Umbria 4.915730 4.915730 6.629197
Valle d'Aosta 7.964602 7.964602 9.833635
Veneto 6.052694 6.052694 7.734730

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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